A Assembleia Geral (AG) é o órgão deliberativo máximo da AEFFUL, no qual se integram todos os Associados da mesma. As Assembleias Gerais funcionam como um fórum de discussão e auscultação da comunidade estudantil, bem como de delineamento de estratégias e posições vinculativas à ação da Associação, eleita anualmente para representar os estudantes da FFUL. São também funções deste Órgão, aprovar os documentos que moldam a atividade da AEFFUL, e deliberar sobre todos os assuntos de carácter associativo.
Cabe à Mesa da Assembleia Geral (MAG) convocar, presidir e moderar, de forma imparcial, todas as Assembleias Gerais. A MAG é composta por um Presidente, um Vice-Presidente e um Secretário, e rege-se pelo seu Regulamento Interno e pelos Estatutos da AEFFUL. É da competência da MAG supervisionar e assegurar a precedência e respetiva harmonia entre os Estatutos da AEFFUL e os Regulamentos Internos dos diferentes Órgãos de Gestão. Adicionalmente, a MAG tem como funções a moderação do Conselho Consultivo, a redação das atas das Assembleias Gerais e do Conselho Consultivo, a disponibilização dos documentos aprovados e a organização do processo eleitoral.
Qualquer Associado pode solicitar a convocatória de uma Assembleia Geral, ou propor pontos a serem adicionados à Ordem de Trabalhos. A participação ativa dos Estudantes é essencial à tomada de posições que sejam representativas da vontade coletiva. Quaisquer dúvidas que surjam relativas às Assembleias Gerais, ao seu funcionamento ou deliberações, poderão, as mesmas, ser endereçadas para mag@aefful.pt.